A Rettegett Iván halála utáni "hontalanság" idején a beteg és gyenge Fjodorral a bojárok nyílt harcba kezdtek a hatalomért. A legerősebb közülük az egykori oprichnik Godunov volt. Theodore halála után Jób pátriárka összegyűjtött egy Zemsky Sobort, hogy új uralkodót válasszanak. Ebben a székesegyházban gyűlt össze a Pátriárka Tanácsa, a Boyar Duma, valamint Moszkva szolgálati emberei és kereskedelmi és ipari lakosságának képviselői. A legvalószínűbb jelölt két személy volt: a cár sógora, Borisz Fjodorovics Godunov és Fjodor cár unokatestvére, Nyikita Romanovics legidősebb fia - Fjodor Nyikics Romanov.
Borisz Godunov uralkodásának évei az orosz állam történetének nehéz időszakában érkeztek. Ez az 1598 és 1605 közötti időszak volt. Valójában a leendő cár már Rettegett Iván beteg fia, Fjodor alatt volt hatalmon.
Borisz Godunov uralkodása kétértelműen kezdődött. 1598 februárjában a Tanács Borisznak ajánlotta fel a trónt, de ő visszautasította. Hogy beleegyezzen, vallási körmenetet szerveztek a Leánykolostorba, ahol Borisz a nővérével szállt meg. A leendő király kénytelen volt beleegyezni a trónra. Így Godunov megválasztása népszerű volt. Ugyanakkor ugyanakkorazt hitték, hogy ennek elérése érdekében titokban fenyegetésekhez és megvesztegetéshez folyamodott.
Borisz csak szeptember 1-jén házasodott meg a királysággal, meg volt győződve a népválasztás erejéről. Borisz Godunov uralkodását teljes hosszában rendkívüli óvatosság jellemezte. Félt a hatalmi kísérletektől, minden rá gyanakvó bojárt kiiktatott. Igazi riválisa csak Fedor Nikitich Romanov volt, aminek eredményeként az összes Romanovot bíróság elé állították az uralkodó elleni összeesküvés vádjával. A bojárok nem szerették a cárt, a Szörnyű utódjának tartották a nemesség üldözésével.
Borisz Godunov uralkodása Fjodor politikájának folytatása volt, vagy inkább annak, amit Godunov alatta tett. Minden eszközzel arra törekedett, hogy helyreállítsa a Groznij korszakában megsértett emberek jólétét. A külpolitikában igyekezett elkerülni az összecsapásokat, tartózkodni az újabb háborúktól. Törődött az igazságszolgáltatás megerősítésével, jó szuverén akart lenni a népnek. Valóban sok előnyt adott a köznépnek. 1601-től három egymást követő évben terméskiesés volt, ami hatalmas éhhalálhoz vezetett. Borisz ingyenes kenyeret szervezett az éhezőknek a királyi kincstárból, nagy épületeket indított a fővárosban, hogy jövedelmet biztosítson az embereknek.
Borisz Godunov uralkodását éhínség, rablás kísérte, de ez nem az ő hibája volt. Ez azonban hozzájárult a királlyal szembeni elégedetlenség növekedéséhez. Az éhínséget egy második szerencsétlenség követte - az önjelölt Tsarevics Dmitrij népfelkelés. E küzdelem során BorisGodunov váratlanul megh alt (1605).
Godunov nagy jelentőséget tulajdonított az európai oktatásnak. A király kommunikált külföldi szakemberekkel a technológia és az orvostudomány területén, szívesen váll alta őket a közszolgálatba. Fiatalokat küldött külföldre, azt tervezte, hogy idegen módon rendezi be a moszkvai iskolákat. A németekből egy külföldi minta szerint katonai különítményt alakított. Godunov alatt a moszkvai kormányt egyértelműen a felvilágosult Nyugattal való szorosabb kapcsolat és az európai tudás asszimilációja vonzotta.
Így Borisz Godunov uralkodását a legtöbb történész röviden leírja. Sokan kételkednek abban, hogy törvényesen jutott hatalomhoz, mert azt hiszik, hogy keze munkája a Rettenetes legfiatalabb fiának, Dmitrij Tsarevicsnek a meggyilkolása volt Uglicsben.
